Kadir Mısıroğlu üstadın tarihçiliği ile ilgili birçok eleştiri yapılmaktadır. Yazılar kalem alan, konferans veren, kanaatlerini bir şekilde ortaya koyan insanlar hakkında eleştirilerin olması elbette normaldir. Bu bağlamda Kadir Mısıroğlu ile ilgili de eleştiriler pekâlâ yapılabilir. Ancak eleştirilerin sağlam kaynaklara dayalı olması gerekir. Fakat Üstad’la ilgili eleştirilerin bir kısmının hissi olduğunu görmek mümkün. O, Türkiye’de çoğu tarihçinin söylemeye cesaret edemediği konuları gündeme taşıdığı için haliyle birçok kişi tarafından tenkit edilmektedir. Bu da anlaşılır bir durum. Kadir Mısıroğlu’nun kimi tarihçilerin takdir ettiği kişilikleri eleştirmesi sebebiyle tabii olarak onlar da kendisine muhalif pozisyon belirlemektedir ki bu normal bir savunma refleksidir. Fakat karşı açıklamalar yapılırken sağlam delillere dayanmak bilimsel bir mecburiyettir. Sadece Mısıroğlu’na cevap yetiştirmek saikiyle mesnedi olmayan, delile dayanmayan savunmalar tabii olarak bilimsel değerlendirme olarak kabul edilemeyecektir. Elbette Kadir Mısıroğlu’nun yanlış söyleme ihtimali de mevcut ancak bunların da delilleriyle ortaya konulması gerekir. Bir başka açıdan bakıldığında Kadir Mısıroğlu Türkiye’de konuşulmaya pek cesaret edilemeyen meselelerde beyanda bulunduğunda kendilerini o konuların birinci derece muhatabı sayanlar tarafından da eleştirilere maruz bırakılmakta; bahsettiği konular ve getirdiği eleştiriler lüzumsuz, gündemi geçmiş, tarihte artık kıymeti kalmamış boş çabalar olarak değerlendirilmektedir.