Bir pagan mabedi üzerine 4. yüzyılda yapıldığı tahmin edilen ilk Ayasofya hakkında fazla bilgiye sahip değiliz. Bundan 100 yıl sonra inşa edilen ikinci Ayasofya da yangınlar sonucu yıkılarak harap olmuştur. Üçüncü Ayasofya ise 6. yüzyılda yapılan bugünkü mabettir. İstanbul’da en eski kültür mirası olarak günümüze ulaşan eser, Osmanlı dönemine kadar da birçok onarım geçirmiştir.
Osmanlı’nın 1453 yılında devraldığı Ayasofya 6 yüzyıla yakın bir süreden beri Türklerin elinde bulunuyor. Ayasofya mabedi Cami-i Kebir yani Ulu Cami olarak 567 yıldır büyük bir özen ve dikkatle korunmaktadır. Fatih devrinden itibaren kullanım biçimi değişmiş, buna göre tamiratlar yapılmıştır. Daha sonra gelen Osmanlı padişahları II. Bayezid, II. Selim, III. Murad, I. Ahmed, III. Ahmed, I. Mahmud, II. Mahmud, Abdülmecid ve II. Abdülhamid dönemlerinde bazen geniş, bazen sınırlı olmak üzere onarımlar geçirmiştir. Cumhuriyet döneminde geniş çapta olmasa bile kısmî biçimde restore edilip ve bakım görerek günümüze gelmiştir.
Osmanlı dönemindeki en kapsamlı onarım 16. yüzyılda Mimar Sinan tarafından II. Selim döneminde gerçekleşmiş ve Ayasofya bugünkü hâlini almıştır. Sinan’ın Ayasofya’da uyguladığı restorasyon çalışmaları, strüktürel açıdan büyük önem taşımaktadır. Osmanlı döneminde Ayasofya’ya medrese, minareler, türbeler, şadırvan, sıbyan mektebi, imaret, kütüphane, hünkâr sofası, hünkâr mahfili ve muvakkithane eklenmiştir. Dolayısıyla günümüzdeki durumuyla Ayasofya bir Osmanlı Külliyesi kimliğine kavuşmuştur.
Mimarlık ve sanat tarihçileri, Ayasofya mabedinin plan şeması üzerinde bugüne kadar yeterince durmamışlardır. 6. yüzyılda inşa edilen bu mabedin öncesi ve sonrası var mıydı? Bunun Bizans mimarlık tarihi içinde başka bir varyantı olmadığı için, yer aldığı tarihî döneme ait bir kimliğe sahip görünmüyor. Mimarî açıdan nereden geldiği bilinmeyen Ayasofya, anakronist bir örnek olmasına rağmen, sanat tarihi literatüründe Bizans kilisesi olarak tanımlanıyor. Acaba bu tespit ne kadar inandırıcı ve ne kadar doğru olabilir?
6. yüzyılda ortaya çıkan Apostol Kiliseleri ve Ravenna’daki San Vitale Bazilikası’ndan uyarlanarak yapılan mabetler, Bizans mimarî tarzını temsil ediyorsa, Ayasofya’nın bunların arasında yeri neresidir? Belki de şöyle demek daha aydınlatıcı olur: Ayasofya Bizans mimarisini temsil eden bir yapı ise, Apostol ve San Vitale kilise tiplerini hangi kategoride ele alacağız? Ayasofya’nın mimarî kimliğini tespit etmeden önce, konuyu biraz daha irdelemek gerekir.
